Par ses caractères patrimoniaux, paysagers, floristiques et faunistiques, le fleuve, tout comme ses affluents, contribue à faire de la vallée de la Garonne un site remarquable classé Natura 2000.
Huit espèces de poissons migrateurs sont présentent dans les eaux de la Garonne parmi lesquels l’esturgeon, la grande alose, l’anguille, la lamproie ou encore le saumon. Le fleuve amène également toute une variété de nature sur ses berges dont certaines espèces protégées remarquables comme le desman des Pyrénées, l'œnanthe de Foucault et l’angélique des estuaires. La ripisylve, succession d’arbres, d’arbustes et d’herbacées, participe par sa biodiversité très riche au maintien des rives et à l’épuration des eaux. Les bords de la Garonne accueillent également de nombreuses espèces d’oiseaux, notamment migrateurs (oies bernaches, aigrette gazettes, etc.), et de nombreux insectes ou encore de petits mammifères.
Les zones humides, poumon vert de la Vallée
La Vallée de la Garonne et ses affluents abritent des zones humides alimentées en eau de manière chronique par les crues du fleuve, par le niveau de la nappe phréatique, par les pluies ou encore par le canal de la Garonne. Les flux d’eau, de sédiments et de matières nutritives déterminent le fonctionnement de ces milieux et les peuplements en espèces végétales et animales.
Les caractéristiques et l’étendue des zones humides sont variables le long de la Garonne. Avec cinquante bras morts sur soixante-dix kilomètres de fleuve et 2.500 hectares de zones humides, principalement des forêts alluviales (saulaies, frênaies), la Garonne «débordante», entre Toulouse et la confluence du Tarn, est un secteur emblématique. La retenue de Saint-Nicolas-de-la-Grave (82) est le premier site d’hivernage pour les oiseaux d’eau de la région, au carrefour du Massif Central, des Pyrénées, de l’Atlantique et de la Méditerranée. Plus en aval, hérités de la mobilité historique du lit, certains anciens méandres en plaine abritent des zones humides, notamment des roselières particulièrement propices aux oiseaux d’eau.
Un milieu fragile
Malgré la dégradation de la qualité des eaux et les atteintes multiples engendrées par les aménagements sur le milieu physique, les cours d’eau conservent une richesse et des potentialités importantes. Toutefois, aujourd’hui, la situation des huit espèces de poissons migrateurs est préoccupante, sur la Garonne comme au niveau national. L’anguille et la grande alose ont connu de fortes baisses d’effectifs depuis une dizaine d’années, pour des raisons encore mal cernées, et l’esturgeon est classé sur la liste rouge des espèces menacées. L’intérêt de ces milieux a motivé leur prise en compte dans les sites Natura 2000 Garonne et de ses affluents, qui représentent près de 15.000 hectares sur le territoire.
